一般TajimaD小于-2,认为是明显的选择信号。
01 数据准备
vcf文件(不进行LD修剪)。
02 计算TajimaD值
vcftools \
--vcf file.vcf \
--TajimaD 50000 \ # 设置窗口大小
--keep ../pop_sample/01pop.txt \ # 亚群样品列表
--out 01pop_populaton_tajima # 输出文件前缀03 绘图
# 生成TajimaD文件列表
ls *.Tajima.D | awk -F"_" '{print $1"\t"$0}' | sed 's/^[0-9]*//' > TajimaD.list # 不符合的手动修改(包含了Total和total without RB)
ls TajimaD.*.Tajima.D |awk -F"." '{print $2"\t"$0}' > TajimaD.list