本文介绍以fasttree、iqtree和raxml-ng三种方法对多物种蛋白质数据建树。

首先将多个物种的蛋白质合并成为一个文件

如果是在本地：

copy /b *_tps_qc2.fasta all_tps_qc2.fasta #本地合并“_tps_qc2.fasta”为后缀蛋白文件

可惜的是，在实际工作中，当这些蛋白文件的每行aa数目不一致时，可能会导致分行错误，将下一个物种ID合并到前一个物种的最后一行中（环境win11专业工作站版25H2 26200.6899），因此在服务器中：

cat *_tps_qc2.fasta > all_tps_qc2_total.fasta #服务器合并“_tps_qc2.fasta”为后缀蛋白文件
find . -name "*_tps_qc2.fasta" -exec cat {} \; > all_tps_qc2_total.fasta#如果蛋白文件在各个子文件夹内，需要递归搜索再合并

合并后需要经过对齐和修建，之前说过不再赘述。

fasttree建树指令：

fasttree all_tps_qc1_ali_trim.fasta > tps_test.tree #fasttree指令
nohup fasttree all_tps_test3_ali_trim.fasta > tps_test3.tree 2> fasttree.log &#挂后台运行

iqtree建树指令：

iqtree -s all_tps_qc2_ali_trim.fasta -m MFP -bb 1000 #iqtree指令
nohup iqtree3 -s all_tps_test3_ali_trim.fasta -m MFP -bb 1000 2> iqtree.log &#挂后台运行
nohup iqtree3 -s all_tps_test3_ali_trim.fasta -m MFP -bb 1000 -nt AUTO > iqtree.log 2>&1 &#当服务器线程允许时，可以指定自动配置合适线程

raxmal-ng建树指令：

#raxml-ng建树指令
raxml-ng --parse --msa all_tps_test5_ali_trim02.fasta --model LG+F+G4 --prefix raxml_tps_test5_trim02#检查并压缩源文件
raxml-ng --all --msa raxml_tps_test5_trim02.raxml.rba --model LG+F+G4 --threads 9 --seed 123 --tree pars{25},rand{25} --bs-trees 1000 --prefix raxml_tps_test5_trim02
#--seed固定种子以便复现 --tree增加起始树的数量，使探索树空间更充分 --bs-trees固定1000次计算 --prefix结果文件前缀
nohup raxml-ng --all --msa raxml_tps_test5_trim02.raxml.rba --model LG+F+G4 --threads 9 --seed 123 --tree pars{25},rand{25} --bs-trees 1000 --prefix raxml_tps_test5_trim02 > raxml.log 2>&1 &

本工作还在进行当中，后续结束后会打包配置好这些软件的镜像。

这其中raxml-ng我们不太熟悉，下一篇我会详细介绍下这个软件。