RAxML-NG 是目前最大似然法（ML）建树的主流专业软件，是经典老版 RAxML、ExaML 的全新重写升级版，专门用于基因 / 蛋白多序列比对构建系统发育树。对比iqtree3，它对SPR 大范围扰动，多起始树，大类群更容易找到高分树。

• 基因家族、上百个物种、基因组多分区 → 优先 RAxML-NG
• 快速预实验、小数据集、需要自动选模型 → 优先 IQ-TREE

然而它的最大问题是并不支持自动模型选择，所以需要自行查询文献，针对使用的源文件类型进行指定模型，或者也有一些预训练的模型选择软件可供参考。

那么与我们常用的iqtree和fasttree不同，在正式建树计算前，有一个预处理步骤：

raxml-ng --parse --msa all_tps_test5_ali_trim02.fasta --model LG+F+G4 --prefix raxml_tps_test5_trim02

用处首先是检查文件的合法性，避免后续计算因长度、非法字符等问题出现报错。

然后可以生成RAxML-NG 专用比对格式文件（.raxml.rba），后续正式建树就使用这个文件。

此外结果文件也会针对你的服务器环境给出建议指定的线程。

正式建树指令解析：

raxml-ng --all --msa raxml_tps_test5_trim02.raxml.rba --model LG+F+G4 --threads 9 --seed 123 --tree pars{25},rand{25} --bs-trees 1000 --prefix raxml_tps_test5_trim02
#--msa输入比对文件 
#--threads 9指定线程
#--model制定模型
#--seed固定种子以便复现 
#--tree增加起始树的数量，使探索树空间更充分 
#pars{25}：25 棵简约法起始树
#rand{25}：25 棵完全随机起始树
#--bs-trees固定1000次计算 
#--prefix结果文件前缀

软件github链接：GitHub - amkozlov/raxml-ng: RAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible · GitHub

软件使用文档：Home - amkozlov/raxml-ng - Codeberg.org --- Home - amkozlov/raxml-ng - Codeberg.org