用各种建树软件后，我们需要将树文件拷贝到本地，对树进行初步的查看和修改，下面介绍MEGA12 中USER TREE的一些功能。

USER TREE-Display Newick Trees打开树文件

Commonly Used 常用设置区

1. Topology Only

仅展示拓扑结构，隐藏所有分支长度，分支统一等长。适用：只看物种聚类关系，不关心进化距离的简约树展示。

2. Auto-fit Horizontally / Auto-fit Vertically

• Auto-fit Horizontally：自动横向适配画布，整棵树铺满图片宽度；
• Auto-fit Vertically：自动纵向适配画布，所有物种名完整显示不溢出。

3. Taxon Separation

调整物种（末端分支）之间的垂直间距：

• 上箭头：拉大间距，物种名字不重叠；
• 下箭头：缩小间距，适合物种极多、画布有限的场景。

4. Tree Width

控制整棵进化树横向总宽度（进化距离总长）：

• 右箭头加宽树，分支更长、节点支持度文字不挤；
• 左箭头缩窄树，适合物种少、短序列树。

5. Font Name... / Font Size

• Font Name：修改物种名、节点数字、比例尺的字体；
• Font Size：字号增减。

选中节点后右键菜单

1. Swap Subtree 交换子树

选中一个内部节点后使用，互换该节点下左右两大分支的位置，不改变进化关系，仅调换左右排布，方便把近缘物种放到相邻位置，优化图片排版。

2. Flip Subtree 翻转子树

选中分支节点，将这一整支上下镜像翻转，比如原本朝右下方的类群翻到右上方，调整物种上下顺序，不改变拓扑结构。

3. Compress/Expand Subtree 折叠 / 展开子树

• Compress：把一大簇近缘物种压缩成一条短横线，只显示分组名称，适合物种极多、只想展示大类的简约图；
• Expand：恢复展开被压缩的子树，重新显示所有末端物种。

4. Display Subtree in New Window 子树单独弹窗

选中目标分支，把这一支独立提取到新窗口，单独查看、编辑、导出该类群的局部进化树，适合单独分析某一类 TPS 基因。

5. Root Tree 树根设置

用于给无根 ML 树定根，两种主流用法：

1. 外类群定根：选中外类群物种，执行 Root Tree，把外类群设为树根，符合系统发育论文规范；
2. 中点定根：自动把树最长分支中点作为根，仅快速预览聚类。