背景

我们要通过IGV打开四个涉及到杂合易位的染色体的vcf文件，并找到其断点。

软件安装

略

做法

我已经绘制过了基因组可视化的图，优先做male的。

涉及到的染色体包括Male_Hap1_Chr02/Ma_hap2_Chr02/Fe_hap1_Chr03/Fe_hap2_Chr03/

找不到对这几条染色体绘图的代码了，但是也不是很要紧，反正已经画完了。

数据路径

容器外路径在

 /data3/jiangchenhao/Hap_genome_jch_rename/Chr_split/Chr_ALN4

基因组分析文件在固态硬盘上

从下面这些染色体对开始：

“所以male_hap1的chr02是不用翻转的，male_hap1的chr03是要翻转的。

所以male_hap2的chr02是不要翻转的，male_hap1的chr03是要翻转的。”

那么这里应该要使用的是male_hap1_Chr03_flip和male_hap2_Chr03_flip

Ma_hap1_Chr03_flip(refer) 其断点位置在Ma_hap1_Chr03_flip: 970,732,289-970,732,290
Ma_hap2_Chr03_flip

通过IGV只能得到refer的断点位置，query的断点位置搞不清，恐怕要借助别的东西。

而且必须对vcf.gz进行过滤，不过滤IGV会崩溃

下一个文件，选择Ma_hap1_Chr03和Ma_hap2_Chr02

现在有第二个vcf文件：

Fe_hap1_Chr02_flip_vs_Ma_hap1_Chr02/Fe_hap1_Chr02_flip_vs_Ma_hap1_Chr02syri.vcf

我们需要有过滤后的vcf文件，用什么命令过滤不重要，重要的是让整个vcf瘦下来，因此采用的策略是，剔除SNP，其余都不管。

grep -v "SNP" Ma_hap1_Chr02_vs_Ma_hap2_Chr02syri.vcf > Ma_hap1_Chr02_vs_Ma_hap2_Chr02syri_filtered.vcf
bgzip Ma_hap1_Chr02_vs_Ma_hap2_Chr02syri_filtered.vcf
bcftools index -c Ma_hap1_Chr02_vs_Ma_hap2_Chr02syri_filtered.vcf.gz

Ma_hap1_Chr02(refer) 其断点位置在Ma_hap1_Chr02: 826,714,378-826,714,379
Ma_hap2_Chr02

下一个文件是Ma_hap2_Chr02_vs_Ma_hap1_Chr03_flip

前者是refer

Ma_hap2_Chr02，其断点位置在Ma_hap2_Chr02:824,869,777--824,869,778
Ma_hap1_Chr03_flip

这个做法还需要改进一下

这样找断点是不全面的，具体而言，对于任意一两对存在易位关系的染色体，我们都需要用做双向基因组比对，否则，就拿不到准确的针对于每个染色体的断点位置。

具体而言，我们有4个比对组，双向nucmer，那就是8次比对。

ok。没问题。

python /project1/bin/nucmer/batch_chr_by_chr.py index5.txt /project1/data/Chr_split/Chr_ALN4 12 3

他会自动去除已经跑完的，只需要等剩下的跑完，应该是还有6对。

Female基因组的断点查询

为什么我不能继续做male的呢？因为male参考基因组

涉及到以下染色体

/project1/data/Chr_fixed/Fe_hap1_Chr02_flip.fa    /project1/data/Chr_fixed/Fe_hap1_Chr03_flip.fa    /project1/data/Chr_fixed/Fe_hap2_Chr02_flip.fa    /project1/data/Chr_fixed/Fe_hap2_Chr03_flip.fa

断点序列基因组单拷贝性确认

图和IGV结合的时候一定要使用完全对应的图！！！

图和IGV结合的时候一定要使用完全对应的图！！！

图和IGV结合的时候一定要使用完全对应的图！！！

如果断点及周围的序列是单拷贝的，那么我们就有理由找到对应的序列，并设计对应的重测序/PCR跨越断点实验。

• Female_hap1_Chr02（refer）相对于Female_hap2_Chr02的断点位置：866,019,154-866,019,155
• Female_hap2_Chr02（refer）相对于Female_hap1_Chr03的断点位置：854,990,761-854,990,762
• Female_hap1_Chr03（refer）相对于Female_hap2_Chr03的断点位置：997,785,308-997,785,309
• Female_hap2_Chr03（refer）相对于Female_hap1_Chr02的断点位置：996,947,942-996,947,943

比对了对应的序列，目前来看，这四条序列之间有一定的相似度，但是相似度很低。所以如果想要用mapping的手段去做，不一定能搞定。

要把对位断点序列拿出来，看一下是否能对齐，目前肉眼来看，是可以对齐的。