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前言

这个工具本身是常用于细菌基因组的组装的，但是既然张仁纲在他的博士论文里说明了他使用了这个工具用于巧家五针松的组装，那么他或许是可用的。

环境配置

mamba install -c bioconda megahit

建议使用一个从头创建的环境

Test

megahit -1 Nc_150_R1.fq.gz -2 Nc_150_R2.fq.gz -o ./Nc_mega_hit_test 

注意使用-t制定线程数。

当我使用20个线程，跑147GB测序数据，总量香榧Nc 150bp重测序数据。

最终跑了100个小时。

如果想搞清楚这一次组装的质量，可以做一个bwa，看一下他在基因组上的覆盖度。

但是我没有必要做这件事。、

以40线程CPU组装一个常规的15x样本，花费了140h，也就是说一台服务器，一周，一半的计算资源，组装一个样本。