【金山文档 | WPS云文档】 MEGA12对树文件进行初步查看修改
https://www.kdocs.cn/l/cclfI3xWuPM8

【金山文档 | WPS云文档】 raxml-ng软件使用介绍 https://www.kdocs.cn/l/coxuxOY8r8gj

【金山文档 | WPS云文档】 fasttree、iqtree和raxml-ng三种建树方法
https://www.kdocs.cn/l/cqeg79htY0P9

教程：https://mp.weixin.qq.com/s/JdpUYgPgnL3EKhVSEQ0_RA

01 安装SMC++

conda create -n smcpp_env
conda activate smcpp_env
conda install -c bioconda smcpp

02 准备 mask 文件标记缺失数据区域

（1）数据准备

# 基因组文件
# vcf文件

（2）mask 文件生成

treemix 是利用等位基因频率来推断群体间分化和杂合（基因流动或者基因渗入）的软件。
教程：https://flystar233.github.io/2020/09/07/treemix/