原始数据在/data/public_92/Torreya_grandis/NCBI-20230420，是鑫哥整理的版本
容器用的是鑫哥的061b51fa0bb3
数据处理
把从ncbi上下载的sra数据转换为fastq
下载sratoolkit
1. 创建专用环境
conda create -n sra_tools python=3.9
2. 激活环境
conda activate sra_tools
3. 安装 sratoolkit
conda install -c bioconda sra-tools
使用
单端测序（或RNA测序数据，最开始受网上信息的误导，博主讲RNA数据用单端测序，但是运行完发现，下载数据是双端测序的数据）：
fastq-dump SRR23105320.sra -O /home/lry 
转换完成后，根据华东师兄的方法，压缩为gz文件
双端测序
fastq-dump SRR14306907.sra --split-3 --gzip -O ./ 
用华东师兄的流程跑，config，info文件的内容
PROJECT: ganhan

董老师发我的娄老师那边的雌雄干旱转录组的fpkm，但是是孙老师注释的版本，需要先转换一下
放在92： /data3/liruiyuan/blast/home/work/positive/biada/cixiongganhan_fpkm.csv 
从鹏哥那里来的sun-ncc对应表
用下面这个代码替换的。是sun到ncc版本的替换，适用于sun到其他版本。
ncc到sun版本不一定适用。
def replace_gene_ids(expression_file, id_map_file, output_file):
   id_map = {}
   with open(id_map_file, 'r') as f:
       for line in f:
           line = line.strip()
           if not line or '\t' not in line:
               continue
           parts = line.split('\t')
           if len(parts) == 2:

表达基因聚类分析

• 进行 Mfuzz 聚类分析（假设已完成表达矩阵标准化）推荐使用 log2(TPM + 1) 或 log2(FPKM + 1) 的表达矩阵。
• 绘制聚类趋势图并保存为 PNG 图片
• 自动导出每一类基因列表到 txt 文件
• 自动统计每一类的基因数目，并保存为表格
根据需求修改输入和输出文件及文件夹位置

背景：

为了解决网站的SQL注入的问题，直接在服务器上修改代码有点太麻烦了，所以选择在本地修改好后传到服务器上。因此，需要将服务器上的数据库打包成sql文件，重新传到电脑本地数据库上。但是在传到本地数据库这一步，遇到了报错。

报错1：

[SQL] Query fpkm_202507 start
[ERR] 2006 - MySQL server has gone away
[ERR] -- MariaDB dump 10.19  Distrib 10.4.27-MariaDB, for Linux (x86_64)

解决：经查找怀疑是max_allowed_packet参数有问题。因此，在数据库的配置文件my.ini中，找到该参数，发现默认值为1M。而自己导入的sql文件为300M。将参数修改为512M后，报错解决。

报错2：

上述问题解决后，传到第二个sql后缀文件时，又遇到了下述错误：