1. 软件下载

[root@3eb13a5fb4e6 software]$wget https://github.com/amkozlov/raxml-ng/releases/download/1.2.2/raxml-ng_v1.2.2_linux_x86_64.zip
[root@3eb13a5fb4e6 software]$unzip raxml-ng_v1.2.2_linux_x86_64.zip -d ./raxml-ng
[root@3eb13a5fb4e6 raxml-ng]$./raxml-ng 
RAxML-NG v. 1.2.2-master released on 30.04.2024 by The Exelixis Lab.
Developed by: Alexey M. Kozlov and Alexandros Stamatakis.

2.

背景：基于非连锁的SNP文件（vcf文件）进行进化树的构建。

1 vcf转 phylip格式

进化树构建软件输入数据格式一般为 phylip或者 fasta格式，需要对 vcf文件进行格式转换。

（1）安装Tassel 5.0

# 官网：https://www.maizegenetics.net/tassel
(base) [root@3eb13a5fb4e6 software]:/home/software_own# wget https://tassel.bitbucket.io/installer/TASSEL_5_unix.sh # wget如果失败，可以手动下载
(base) [root@3eb13a5fb4e6 software]$bash TASSEL_5_unix.sh
# 安装位置
(base) [root@3eb13a5fb4e6 software]$cd /opt/TASSEL5

（2）对vcf文件进行sort

0 背景

在SNP过滤：连锁不平衡LD

0 背景：

除了前面笔记所记录的SNP过滤条件外，在张仁纲的毕业论文里发现还有多核苷酸多态性、覆盖深度、TE区域和杂合度这条件需要进行过滤。

前面的过滤笔记链家：