大孢子的种仁取样时是纵向取样的，因此在制作切片时应该将样品朝向一致摆放，沿虚线位置纵切 

小孢子为图中所示，制作石蜡切片应使得其沿虚线位置纵切，使其在显微镜下呈现右图的效果 

原始数据在/data/public_92/Torreya_grandis/NCBI-20230420，是鑫哥整理的版本
容器用的是鑫哥的061b51fa0bb3
数据处理
把从ncbi上下载的sra数据转换为fastq
下载sratoolkit
1. 创建专用环境
conda create -n sra_tools python=3.9
2. 激活环境
conda activate sra_tools
3. 安装 sratoolkit
conda install -c bioconda sra-tools
使用
单端测序（或RNA测序数据，最开始受网上信息的误导，博主讲RNA数据用单端测序，但是运行完发现，下载数据是双端测序的数据）：
fastq-dump SRR23105320.sra -O /home/lry 
转换完成后，根据华东师兄的方法，压缩为gz文件
双端测序
fastq-dump SRR14306907.sra --split-3 --gzip -O ./ 
用华东师兄的流程跑，config，info文件的内容
PROJECT: ganhan

董老师发我的娄老师那边的雌雄干旱转录组的fpkm，但是是孙老师注释的版本，需要先转换一下
放在92： /data3/liruiyuan/blast/home/work/positive/biada/cixiongganhan_fpkm.csv 
从鹏哥那里来的sun-ncc对应表
用下面这个代码替换的。是sun到ncc版本的替换，适用于sun到其他版本。
ncc到sun版本不一定适用。
def replace_gene_ids(expression_file, id_map_file, output_file):
   id_map = {}
   with open(id_map_file, 'r') as f:
       for line in f:
           line = line.strip()
           if not line or '\t' not in line:
               continue
           parts = line.split('\t')
           if len(parts) == 2:

表达基因聚类分析

• 进行 Mfuzz 聚类分析（假设已完成表达矩阵标准化）推荐使用 log2(TPM + 1) 或 log2(FPKM + 1) 的表达矩阵。
• 绘制聚类趋势图并保存为 PNG 图片
• 自动导出每一类基因列表到 txt 文件
• 自动统计每一类的基因数目，并保存为表格
根据需求修改输入和输出文件及文件夹位置