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侃大山，随便聊聊。有啥新奇特的Idea都可以分享。

By wuzhenzhen, 30 November, 2025

重测序群体的SNP鉴定流程：（5）生成gVCF文件及gatk报错Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace.

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# 生成单个样本的gVCF文件

# HaplotypeCaller最多可以设置4个线程，由于Java限制再增加也没有用 
gatk --java-options "-Xmx10g -XX:ParallelGCThreads=4" HaplotypeCaller -R genome.fasta -I sample1.pe.sort.markdup.bam -ERC GVCF -O sample1.g.vcf.gz

# 利用gatk生成每个样本的gVCF文件时，报错

  • 具体的报错信息：

By wuzhenzhen, 30 November, 2025

重测序群体的SNP鉴定流程：（4）比对结果统计及注意事项

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# 比对结果统计

在利用bwa mapping获得bam文件后，可以利用samtools对比对的结果进行统计。

# 统计每个样本的整体比对率(primary mapped)和双末端比对(properly paired)
samtools flagstat sample.bam 

# 统计每个样本的覆盖情况（coverage）和平均测序深度（meandepth）
samtools coverage sample.bam 
# 但要注意的是 coverage 参数在低版本的里面是没有的（如1.6），需要使用较新的版本的samtools，如1.21。

# 比对时候的注意事项

  • 在核基因组的SNP分析中，如果参考基因组里面组装了叶绿体基因组，则会影响最后比对结果的统计。
  • 首先，叶绿体基因组通常没有重复序列且基因密度高，reads比对到叶绿体的成功率很高，会虚高整体比对率。
  • 其次，叶绿体的超高深度会严重拉高平均深度。
  • 因此，在比对的时候，最好先将染色体序列单独提取出来，进行比对。
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