开始进行数据比对，同时比对后的bam文件需要进行排序（SortSam）、标记duplication（MarkDuplicates）。

1. bwa mapping获得bam文件后，samtools进行格式转化。

数据比对前先对参考基因组序列建立index。

（1）利用bwa-mem2建立索引文件：

• 重测序项目样本都非常多，此处只演示一个样本，实际操作中可以使用for循环处理。一般样本送测序后下机数据的文件名都会比较长，最好先更改一下文件名，方便后续处理。 
• 使用fastp进行数据过滤。

• 具体操作：

  # fastp -i sample1_1.fastq.gz -o sample1_1.filter.fq.gz -I sample1_2.fastq.gz -O sample1_2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50
  #实操:
  fastp -i /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R1.fq.gz -o QXG-1_R1.filter.fq.gz -I /home/Rmolle_calllsnp_work/250rawdata/QXG-1/QXG-1_R2.fq.gz -O QXG-1_R2.filter.fq.gz -q 20 -u 40 -l 50

• 结果：

一、 分析过程中用到的软件安装过程：

1. 安装GATK：

本篇汇总了每年的考种工作的流程及所需的工具：

前期准备：论坛 考种：excle表格制作教程

前期准备：论坛 考种：excle表格制作教程