Description

侃大山,随便聊聊。有啥新奇特的Idea都可以分享。

By wuzhenzhen, 20 December, 2024

# 添加自定义筛选条件


## 需求:


需要实现在新建的一个视图中让用户按照特定的字段实现内容搜索功能。


## 实现:


- 在视图的编辑页面(Structure > Views > Edit)中,Filter criteria 表示对该类型的内容进行筛选,并显示到表格中。
- 如果需要对特定字段进行:
    - 首先需要再在Filter criteria中添加该字段。
    - 其次,为了将筛选条件暴露给用户时,则需要对字段进行设置。即在字段的编辑页面,勾选 Expose this filter to visitors, to allow them to change it 。
    - 保存,会在视图中显示筛选条件。

 

By chenyi, 6 December, 2024

 一、需要的数据

转录组的数据、删除的id名称统计、替换的id名称

二、在92的wzz_python容器中进行的

三、步骤

1、在/home/replace_geneid目录下,先根据鹏哥给的abandoned.gene.id.txt文件,剔除转录组中所有已经被删掉的id。python代码为split_genes.py,输入命令python split_genes.py。生成included_genes文件和excluded_genes文件。

By ruiyuan Li, 5 November, 2024
tgra_comparison.csv文件包含所有的新旧id的对应关系 如何只找的我们关注的旧id所对应得新id 使用方法 python 脚本名字 对应关系文件 旧id文件 output_file
By wuzhenzhen, 7 September, 2024

1. ingroup物种选择错误

ingroup需要填写感兴趣的物种;outgroup是研究的物种的外类群。但是,需要注意的是ingroup和outgroup不应该包含全部的物种。

2. Blast报错

# 报错的具体信息:
Error:(803.7)Blast-def-line-set.E.seqid.E.local.str
Bad char [0x9]in Visiblestring at byte 252

该错误是由于物种的蛋白质序列文件出错所导致的,需要利用gffread根据基因组序列文件和注释文件重新生成蛋白质序列文件。但,并不清楚到底为什么下载的蛋白质序列文件会在makeblastdb这一步报错。

3. 基因ID不规范导致的报错