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侃大山，随便聊聊。有啥新奇特的Idea都可以分享。
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【金山文档 | WPS云文档】 杜鹃已发表基因组信息整理
https://kdocs.cn/l/cvN0HhMifacD
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tgra_comparison.csv文件包含所有的新旧id的对应关系
如何只找的我们关注的旧id所对应得新id
使用方法
python 脚本名字 对应关系文件 旧id文件 output_file
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【金山文档 | WPS云文档】 2024_10_30日志(稽东镇香榧-高山杜鹃航拍)
https://kdocs.cn/l/ceWDqZkcjJSs
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基于PLINK软件的结果文件.eigenval和.eigenvec进行结果可视化
#所用的包
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1. ingroup物种选择错误
ingroup需要填写感兴趣的物种；outgroup是研究的物种的外类群。但是，需要注意的是ingroup和outgroup不应该包含全部的物种。
2. Blast报错
# 报错的具体信息：
Error:(803.7)Blast-def-line-set.E.seqid.E.local.str
Bad char [0x9]in Visiblestring at byte 252该错误是由于物种的蛋白质序列文件出错所导致的，需要利用gffread根据基因组序列文件和注释文件重新生成蛋白质序列文件。但，并不清楚到底为什么下载的蛋白质序列文件会在makeblastdb这一步报错。
3. 基因ID不规范导致的报错
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在Drupal中，内容和设计分开处理。内容存储在数据库中，而主题系统负责呈现设计和样式。当前大部分CMS都采用这种前后台分开的方式，因为这样可以在重复利用网站后台功能的前提下，开发出不同的网站前台样式，以更灵活的方式去满足不同的设计需求。
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基于“一种基于全基因组选择的杨树生长性状最优预测体系及其构建方法和应用”进行设计
步骤流程：
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Drupal 10 Module Development_ Develop and deliver engaging 这本书主要目标是让读者了解如何开发Drupal这一方面的内容，并不涉及Drupal的基本使用方式。另外，在阅读的过程中，发现针对于Drupal 9 这一版本也有对应的书籍。
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基于基因组数据文件和注释文件，利用gffread命令生成蛋白质序列文件时，出现了下面报错信息：
# 提取蛋白质的输入命令：
gffread R.vialii
.gff -g R.vialii
.fasta -y R.vialii
.protein.fa
# 报错信息：
Warning: couldn't find fasta record for 'GWHCAXW00000027'！
Error: no genomic sequence available (check -g option!)但是通过提取基因组文件和注释文件中的染色体名称后，发现两个文件中都有 'GWHCAXW00000027' 这一条染色体的相关信息，并不存在序列确实的文件。重新运行该命令后依旧会报错。
后续发现，gffread命令会在中途生成一个 .fai 的索引文件，在这个索引文件中包含了所有的染色体信息。但是第一次使用gffread的时候，生成的文件少了一条序列，所以后续的反复尝试都是基于这个文件进行的，所以重新运行后也一直在报错。
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背景：
在运行fusion gene的鉴定流程时，发现一直运行不出来结果，最后排查到应该是makeblastdb这个程序报错。但是利用重定向输出过运行过程中的信息，但是发现该程序的报错并不会被记录到日志文件中，只能够打印在运行的屏幕上。