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转录组数据量化指标详解

一、前言

在转录组分析中，Reads、Count、RPK、RPKM、TPM、CPM等指标用于量化基因表达。本文结合实际案例，解析各指标的计算公式、计算实例及使用范围，帮助理解其应用逻辑。

二、指标解析

（一）Read

• 定义：在单端测序中，Reads指测序生成的短序列（reads）成功比对到目标基因（或转录本）的数量。如图中绿色短序列，若为单端测序，统计比对到基因外显子区域的这些序列数量，即为对应基因的 Reads 数。
• 使用范围：作为单端测序的原始量化数据，仅反映基因在单端测序中的被检测情况。由于未标准化，其数值易受基因长度（长基因更易获得更多 Reads）和测序深度影响，仅适用于同一样本内的简单比较（如技术重复间的初步观察），无法直接用于跨样本或复杂的表达差异分析。

说人话就是，有多少片段 map 到了基因上边