截止2025.09.25，BreedRupal 香榧品种数据库一共进行了三次备份：

注意：需要在每一次大批量导入数据前后，都需要备份数据库。

第一次： 2024-11-26

本次记录是在完成潘母港的全部数据录入后。
具体操作：

一、 准备环境 确保已安装： 

• bedtools（用于基因组操作） 

• samtools（用于索引基因组文件） 

• grep、awk（文本处理） 

如未安装，运行以下命令：

sudo apt-get update 

sudo apt-get install bedtools samtools 

二、 准备输入文件 

• 基因组文件 genome.fa 

• 注释文件 .gff 

三、 提取 

1.生成索引基因组文件 samtools faidx genome.fa 

2.创建基因位置提取脚本 

注：将脚本以.txt格式上传，extract_promoters.txt 

3.执行脚本

 # 使脚本可执行 

chmod +x extract_promoters.sh 

# 运行脚本 

./extract_promoters.sh 

结果验证： 

# 查看提取的基因数量 

grep -c ">" target_promoters.fa 

# 查看序列长度分布 

https://www.yuque.com/g/jumbol/tg3q6r/hb9ku40w7ghv1rb6/collaborator/join?token=4aEb93khCJzkO6Xz&source=doc_collaborator# 《SapBert：用于医学实体对齐的模型》

个人挑选的一些有重要信息的PPT留档照片
第二届全国农林生物信息学学术会议（2025 武汉）
通过网盘分享的文件：第二届全国农林生物信息学学术会议.zip
链接: https://pan.baidu.com/s/1CgIh2veV7UjHuSXwZahSBQ?pwd=mg1e 提取码: mg1e 
--来自百度网盘超级会员v6的分享

注：使用脚本在附件中

•main.py - 自动化流程控制 

•bmk_spatial_h5ad.py - 数据转换脚本 

将数据转换为Scanpy兼容的h5ad格式 

•S1000_Scanpy_v1.0.py - 可视化分析 

（1）预处理 ①展示在所有细胞中占比最高的基因的计数（top10）； ②过滤；③标准化； ④识别高度多变的基因（top2000）； ⑤利用回归模型消除不同细胞的counts之间的差异（测序导致） 

（2）聚类 

（3）差异分析（每个聚类top20）