Description

如果有什么常用的资源,可以大家一起分享的,请在此处分享。

By masiyi, 5 August, 2024
Forums

继前面使用MCScanX自带工具进行可视化以后,觉得有点丑陋,后续发现了新的一个在线工具:synvisio

1.首先进行结果文件的上传

点击导航栏处的 UPLOAD OWN DATA TO DASHBOARD,这里需要上传我们使用MCScanX得到的 MCScanX Collinearity File和 GFF File,到这里就可以得到最基础的两个物种间的共线性结果可视化了(这个暂时只支持做两个物种的共线性关系)

 

2.其次对可视化进行配置

By masiyi, 5 August, 2024
Forums

一、准备工作

使用MCScanX得到 .collinearity共线性结果文件,并且按照其要求处理得到特定的 .gff注释文件,这里均以os_sb测试

二、可视化结果

首先准备绘图配置文件 .ctl,文件内容如下(其中参数根据具体需求自行修改):

1500    //dimension (in pixels) of the x-axis
1500    //dimension (in pixels) of the y-axis
os1,os2,os3,os4,os5,os6,os7,os8,os9,os10,os11,os12      //chromosomes in x-axis
sb1,sb2,sb3,sb4,sb5,sb6,sb7,sb8,sb9,sb10        //chromosomes in y-axis

1.dual synteny plots

By masiyi, 9 July, 2024
Forums

在使用RIdeogram对牛油果T2T的结果进行可视化以后发现其与拟南芥、杨树的基因密度分布情况具有较大的差异,具体表现在由密度图看到牛油果只有1、3、8、12这四条染色体上有较为明显的密度分布(黄色(适中)及红色(密度大)区域)且占区域很小,多数区域都是蓝色(基因密度低)。

针对此问题,首先对结果文件进行核对:

基因密度结果文件部分如下:

By Liu Qirui, 2 July, 2024
Forums

遗漏:
绿1区14号列1-14-01仅挂了基准图,未挂二维码,需要补上

现场记录:
绿1区2号列末尾有一棵未标定,使用了1-02-10标定
绿1区11号列末尾有一棵未标定,使用了1-11-11标定
绿1区14号列1-14-01附近(绿1区外侧)有两棵未标定,使用了1-13-05和1-13-06标定

绿2区5号列中间多一棵未标定,新植株被标定为2-05-04,原05开始向后顺延一个号码
绿2区10号列末尾有一棵未标定,使用了2-10-07标定
绿2区11号列末尾有两棵未标定,使用了2-11-11和2-11-12标定
绿2区13号列末尾有一棵未标定,使用了2-13-11标定

绿3区2号列中间多一棵未标定,新植株被标定为3-02-06,原06开始向后顺延一个号码
绿3区6号列到3-06-11截止
绿3区10号列到3-10-18截止
绿3区14号列3-14-12和3-14-13附近(绿3区外侧)多一棵未标定,使用了3-10-19标定
绿3区14号列3-14-14和3-14-15附近(绿3区外侧)多两棵未标定,使用了3-10-20和3-10-21

By masiyi, 23 June, 2024
Forums

方法一:galaxy的工具里面有一个叫Gebbank to GFF3 converter

PS:但是这里有个限制,它存放数据的database大小有限制(1.5G到2G之间),这里由于GBFF文件的特殊性(注释在前,序列在后,所以文件很大),所以不是很推荐使用网页端工具,如果很小、很少的话,网页端可能会方便一点

链接见此处

具体使用方法:

1、文件准备

这里的输入文件只需要GBFF文件即可

2、文件上传

在左上角点击文件夹旁的···后再点击upload即可选择本地文件或者文件链接进行上传,上传成功后在右侧任务栏这个文件代表的任务会变成绿色,表示上传成功

3、转换

在左侧进行一些配置(一般不需要进行更改,默认即可),选择要转换的GBFF文件后点击Run Tool即可,右侧可以看到任务进度,绿色表示任务成功,红色表示error

4、下载结果

By Liu Qirui, 28 May, 2024
Forums

【金山文档 | WPS云文档】 2024_05_27日志2(大疆司空2的使用)

https://kdocs.cn/l/capaJybZ3DFI

关于大疆司空2的教程实操,包括建立和加入项目、设备同步、二维模型同步等,大疆司空2为网页端,大家可以自行登录并尝试操作,但请勿随便修改已有数据!

By Liu Qirui, 24 May, 2024
Forums

【金山文档 | WPS云文档】 2024_5_23日志(遗传力计算)
https://kdocs.cn/l/cjD67EpLXEfn

基于教程并结合自己的数据进行了学习和实操,基于R语言的lme4包进行,可以用于理解和计算遗传力。

其中三个表型存在问题,虽然咨询了AI但是并没有完全理解,还需要进一步的学习。