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工作流程发布，不足交流探讨及改进

By Tingting, 23 May, 2026

关联分析软件GCTA和GEMMA

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因为香榧数据量较大，包含4亿多个snps，使用基于R包的GAPIT会需要很多时间以及资源，所以采用GCTA和GEMMA软件中的模型来进行关联分析。

一、GCTA关联分析

#批量添加亲缘关系和PCA
for f in /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/pheno_*.txt; do fname=$(basename "$f"); gcta64 --bfile /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/142samples_imputed_all_chr_final --grm /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/relatedness_matrix --pheno "$f" --qcovar /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/PCA_result.eigenvec --mlma --out GWAS_reseq_${fname%.txt} --thread-num 10; done

二、gemma

速度很快，可以选择模型

By Tingting, 23 May, 2026

利用genehapR包对GWAS候选基因的单倍型分析

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首先，这个R包使用起来比较方便，但是安装较难。

一、软件安装

#conda下载4.4.3的R
#安装步骤
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("Biostrings", "GenomicRanges", "muscle", "IRanges", "rtracklayer", "trackViewer"))
install.packages("geneHapR")
#如果出现报错，则用conda安装依赖包，安装完依赖包，使用以下命令进行安装
#安装genehapR
devtools::install_git("https://gitee.com/zhangrenl/genehapr")

PS: genehapR也有镜像，但是下载不了

二、分析基因的单倍型

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