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1、主成分分析

使用的数据：transcript_count_matrix.csv

解锁CSDN的VIP文章的方法

R语言绘制小提琴图

参考文献：https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0232201Linkage disequilibrium vs. pedigree: Genomic selection prediction accuracy in conifer species | PLOS ONE

关键词：连锁不平衡、有效群体大小、家系、标记密度、基因组选择

一、概念：

1、连锁不平衡：

连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是群体遗传学和基因组学中的一个基本概念，用于描述两个或多个遗传标记（如单核苷酸多态性，SNP）之间的非随机关联。当某些SNP的等位基因组合在一个群体中出现的频率高于根据单独等位基因频率计算的预期频率时，就产生了连锁不平衡。

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