【金山文档 | WPS云文档】 基因家族分析之启动子顺时作用元件（一） https://www.kdocs.cn/l/ctwWM3wtfHFP

 https://www.kdocs.cn/l/csvzTSKIBizQ

 https://www.kdocs.cn/l/cr3IPalKWtdn

 https://www.kdocs.cn/l/cchwZxoYkO4m

一、GCTA软件计算表型的遗传力

核心算法是基因组限制性最大似然 (GREML)

准备好基因型文件和表型文件就可以计算遗传力

for f in /home/147_Tg_reseq/142_final_gwas_result/pheno_*_clean.txt; do 
    filename=$(basename "$f" .txt)
    gcta64 --grm 142samples_chr1-11_merged_ped_final_relatedness_matrix \
           --pheno "$f" \
           --reml \
           --out "/home/147_Tg_reseq/142_pep_final_gwas_result/h2_${filename}"
done

二、GEMMA计算表型遗传力

核心算法是高效混合模型关联算法 (Efficient Mixed Model Association)

GEMMA在运行关联分析后会出现log文件，其中包含遗传力信息

Beagle是一种基于连锁不平衡（LD）和隐马尔可夫模型（HMM）的基因型填补算法。利用参考群体中单倍型之间的相似性与连锁不平衡模式，将目标个体的未分型位点看作“缺失状态”，通过构建HMM搜索与目标个体局部单倍型最匹配的参考单倍型片段，用匹配到的参考单倍型上对应位置的等位基因来填补缺失位点。

参考：华中农业大学硕士毕业论文《基于 GWAS 的东宝黑头羊产羔性状和生长性状相关基因筛选》中基因型填补的步骤

参考代码

首先，先对原始数据做直方图。

一、根据直方图，然后根据直方图偏左还是偏右进行log或者e(x)矫正。

log10代码