杜鹃基因组组装（4）：矫正和精修

杜鹃基因组组装（3）：去冗余

杜鹃基因组组装（2）：NT库比对去污染序列

杜鹃基因组组装（1）

一、加载包以及文件预处理

因为发现有师妹也在做酶活实验，发现这当中也存在一些问题，就简单以我做的一种酶活为例。

我们组现在一般是买试剂盒来测量，以索莱宝SOD酶活为例。

首先，分为微量法和可见分光光度法，简单来说就是使用酶标仪和分光光度计，微量法适合本身样本较少的。

拿到试剂盒我们会看到里面试剂保存条件是2-8℃，建议放在4℃冰箱。

接着根据里面的要求将试剂混合、加热。

如果用量少的话，建议可以吸出部分试剂，进行混合和加热，不用把所有的试剂都进行加热。

测量之前，需要仔细阅读说明书。

可以看到使用提取液提取的材料原液也可以用作其他几个酶的测定。

EMMAX能够高效的进行大样本、大基因组的GWAS，速度快，节约内存

安装

不用切分染色体，可以使用basenumber生成GVCF文件。

对原始数据可以使用bwa-mem2比对生成bam文件，这一步比较花时间，我自己使用的是bwa-mem2这个软件。如果使用basenumber是需要拆分染色体的。

之后使用samtools进行排序，gatk进行标记重复，生成标记重复后的bam文件，用来生成gvcf文件。

完成以上这几步都是用92服务器运行的。

接下来使用basenumber软件，需要用到93服务器。

首先，需要使用basenumber软件生成基因组的索引文件。

/data2/93chuand/.bin/baseNumber/slaidx Tgradis.fa

接着就开始生成GVCF文件