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hisat+stringtie+transdecoder转录组预测 (kdocs.cn)

MITE-hunter (kdocs.cn)

https://kdocs.cn/l/crXUGGZsdLKp

#概念

连锁不平衡（LD）是由两个名词组成，连锁+不平衡，类似的概念入手，就是基因的共表达。

基因的共表达是指两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正相关关系。

类似的，连锁不平衡（LD）就是度量两个分子标记的基因型变化是否步调一致，存在相关性的指标。如果两个SNP标记位置相邻，那么在群体中也会呈现基因型步调一致的情况。比如有两个基因座，分别对应A/a和B/b两种等位基因。如果两个基因座是相关的，我们将会看到某些基因型往往共同遗传，即某些单倍型的频率会高于期望值。

#R²和D’的应用

r²和D’反映了LD的不同方面。r²包括了重组和突变，而D’只包括重组史。D’能更准确地估测重组差异，但当样本量较小时，低频率等位基因组合可能无法观测到，导致LD强度被高估，所以D’不适合小样本群体研究；

LD衰减作图中通常采用r²来表示群体的LD水平；

Haplotype Block中通常采用D’来定义Block。

#分析

软件PopLDdecay

多渠道数据库下载基因组、蛋白和注释文件等 (kdocs.cn)