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工作流程发布，不足交流探讨及改进

By Tingting, 16 August, 2025

MCScan软件:物种内基因家族的共线性分析

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#安装软件
git clone https://github.com/wyp1125/MCScanX.git
cd MCScanX
apt update
apt install openjdk-11-jdk
make
#下载完了之后，会有示例数据
#检查示例数据的内容以及格式，将自己的文件修改为与示例格式一致
#示例数据介绍

By Tingting, 30 July, 2025

根据染色体位置重命名基因家族

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由于使用睿远的发布的代码，但是会出现以下这种情况。

举例，原本基因名为evm.TU.PTG000033L.1 新的基因ID为TgSBT1。那么检测到evm.TU.PTG000033L.10这种也会替换将前面的evm.TU.PTG000033L.1的替换掉就变成TgSBT10。

于是，想了一个稍微笨一点方法。

首先是提取基因在染色体上的位置，通过excel排序生成一个包含老基因和新基因名的文件。再根据文件来进行替换。

1、先是生成染色体位置的文件

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