EDTA（转座子注释） (kdocs.cn)

1. info文件必须被放置在你的主题文件夹的根目录下，在我们这个例子中就应该是在nowicode

CSS和JS的加载，并不是一个很难的过程。

一、在本地搭建drupal环境

所需文件：vcf文件

使用到的软件vcftools、plink、admixture

#vcftool、plink软件通过压缩包下载安装

#使用vcftools转化为plink格式

vcftools --vcf sample.vcf --plink --out sample_plink

#使用plink生成bed文件

plink --file sample_plink --make-bed --out sample_bed

#使用conda下载admixture

conda install admixture

#运行admixture

Ka、Ks介绍

sed命令的用法

分析基因簇的软件

可以进行关联分析软件：

# tassel:

本模块依然在91的师姐的rhoddb-test容器中进行测试

一、模块的下载和安装

在GitHub上面通过链接下载或者下载压缩包到本地（https://github.com/tripal/tripal_synview/blob/master/README.md）

二、所需数据收集和前期处理

1.数据收集

这里测试以RPGD上的马樱杜鹃V2版本的基因组fasta、注释gff3和蛋白序列fasta，圆叶杜鹃基因组fasta、注释gff和蛋白序列fasta为测试数据。均可在RPGD上下载。

2.数据处理

由于此模块是将最终计算的种内（种间）基因共线性区块结果给可视化了，所以还需要得到这个共线性结果。在这里我们使用MCScanX，也是从GitHub上可以下载。

2.1gff文件处理成所需格式

MCScanX需要gff文件和blast结果文件作为输入文件，由于它所需要的gff文件和标准gff文件不一样，所以我们需要先对gff文件进行处理（这里以马樱杜鹃的gff为例），提取它需要的列生成一个新的gff文件，在这里我们只要cds，首先先提取所有cds，命令如下：