所需文件：vcf文件

使用到的软件vcftools、plink、admixture

#vcftool、plink软件通过压缩包下载安装

#使用vcftools转化为plink格式

vcftools --vcf sample.vcf --plink --out sample_plink

#使用plink生成bed文件

plink --file sample_plink --make-bed --out sample_bed

#使用conda下载admixture

conda install admixture

#运行admixture

Ka、Ks介绍

sed命令的用法

分析基因簇的软件

可以进行关联分析软件：

# tassel:

本模块依然在91的师姐的rhoddb-test容器中进行测试

一、模块的下载和安装

在GitHub上面通过链接下载或者下载压缩包到本地（https://github.com/tripal/tripal_synview/blob/master/README.md）

二、所需数据收集和前期处理

1.数据收集

这里测试以RPGD上的马樱杜鹃V2版本的基因组fasta、注释gff3和蛋白序列fasta，圆叶杜鹃基因组fasta、注释gff和蛋白序列fasta为测试数据。均可在RPGD上下载。

2.数据处理

由于此模块是将最终计算的种内（种间）基因共线性区块结果给可视化了，所以还需要得到这个共线性结果。在这里我们使用MCScanX，也是从GitHub上可以下载。

2.1gff文件处理成所需格式

MCScanX需要gff文件和blast结果文件作为输入文件，由于它所需要的gff文件和标准gff文件不一样，所以我们需要先对gff文件进行处理（这里以马樱杜鹃的gff为例），提取它需要的列生成一个新的gff文件，在这里我们只要cds，首先先提取所有cds，命令如下：

braker2基因预测（基于转录组数据） (kdocs.cn)

准备文件：关联出的相关位点、gff注释文件

1、确定区间：

查看文献以及参考bedtools使用的软件流程，确定显著位点上下游10kb的基因。

注：10kb可以根据自己的要求进行修改

# LeafS_new_GLM_GWAS7.bed文件是关联出的位点，合并位点信息，生成qujian文件
bedtools merge -i LeafS_new_GLM_GWAS7.bed >snp_qujian.bed

2、提取gff中染色体信息

#使用全部的gff文件会报错，位点信息都在4号染色体上，于是提取4号染色体的gff文件
grep '^chr04' t2.gff3 > chr04_records.gff3
#将提取出的染色体进行排序
bedtools sort -chrThenSizeA -i chr04_records.gff3 >chr04_size.gff3

3、筛选候选基因