braker2基因预测（基于转录组数据） (kdocs.cn)

准备文件：关联出的相关位点、gff注释文件

1、确定区间：

查看文献以及参考bedtools使用的软件流程，确定显著位点上下游10kb的基因。

注：10kb可以根据自己的要求进行修改

# LeafS_new_GLM_GWAS7.bed文件是关联出的位点，合并位点信息，生成qujian文件
bedtools merge -i LeafS_new_GLM_GWAS7.bed >snp_qujian.bed

2、提取gff中染色体信息

#使用全部的gff文件会报错，位点信息都在4号染色体上，于是提取4号染色体的gff文件
grep '^chr04' t2.gff3 > chr04_records.gff3
#将提取出的染色体进行排序
bedtools sort -chrThenSizeA -i chr04_records.gff3 >chr04_size.gff3

3、筛选候选基因

gffread使用教程 (kdocs.cn)

1、拉取镜像docker pull drupal:8.3.1

这个东西需要在服务器硬盘加好之后再验证过。

【金山文档 | WPS云文档】 如何用命令行运行docker程序？
 

基因组重复序列文库建立 (kdocs.cn)