使用皮尔逊相关系数计算两个基因的共表达，通常会筛选出很多的候选基因，多达上千个，这对后续的分析是非常不友好的；另外将基因的共表达关系分为正共表达和负共表达也是不合理的，因为A和B之间负共表达，则B和A之间肯定是正共表达，从这一点说划分为正共表达和负共表达无意义。