Description
工作流程发布,不足交流探讨及改进
工作流程发布,不足交流探讨及改进
其中主要实现可视化的工具R包是RIdeogram包,文章发布在Hao Z, Lv D, Ge Y, Shi J, Weijers D, Yu G, Chen J. 2020. RIdeogram: drawing SVG graphics to visualize and map genome-wide data on the idiograms. PeerJ Comput. Sci. 6:e251,详细使用说明点这里
但是在使用这个工具之前,需要做一些前期准备工作,在这篇文章里使用了人类的数据作为测试数据。里面需要用到基因组数据(计算染色体长度),基因组注释(计算基因密度)
首先利用fasta数据计算染色体长度,在这步我使用了一个简单的python脚本:
【金山文档】 k-mer分析
https://kdocs.cn/l/clXCzw0rQO4v