烟草移苗

拟南芥点种实验 

【金山文档 | WPS云文档】 Python文件相关命令 https://www.kdocs.cn/l/ccgYYHeUjRt4

一、fastp过滤文件

#创建环境
conda create -n fastp-env
conda activate fastp-env
# 安装fastp
conda install -c bioconda fastp
#过滤，使用默认参数
/home/147_Tg_reseq/BC2025090791-BGI-DNA-21samples/rawdata/G30308-1# fastp -i G30308-1_R1.fq.gz -o G30308-1_R1_clean.fq.gz -I G30308-1_R2.fq.gz -O  G30308-1_R2_clean.fq.gz

二、bwa-mem2建立索引

一、figshare上传

网址:Edit item - Untitled Item - figshare - credit for all your research - Figshare

首先，注册账号

点击创建，上传文件，填写相关标题、关键词等信息，即可。

二、GSA上传

这个相比figshare较为复杂，填写的内容较多

一、容器创建

使用2-pass模式进行转录组比对，更加准确

使用STAR软件速度还算可以，比较推荐